824 MOLECULAR UNDERPINNINGS OF NEUROENDOCRINE DIFFERENTIATION IN ESOPHAGEAL ADENOCARCINOMA AND ITS PROGNOSTIC SIGNIFICANCE
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The presence of neuroendocrine (NE) differentiation has been previously reported in both morphological subtypes, (intestinal and diffuse), of esophageal adenocarcinoma, (EAC). This is more commonly seen in the post-treatment setting and is thought to confer a more aggressive phenotype. However, the molecular underpinning and therapeutic implications of NE differentiation within EAC is poorly understood. Herein, the goal is to understand the molecular mechanisms, evolution and the prognostic significance of NE development in EAC tumours. Methods We interrogated a previously published transcriptome dataset with matched H&E slides, TCGA EAC (N = 86). Moreover, we have begun reviewing H&E slides from EAC patients from UHN (N = 50). We created a NE gene expression signature (N = 25 genes) from the literature as an initial proof of concept. We quantified the presence of a NET-like/organoid morphology in the matched H&E slides and correlated it with the average z-score of the NE gene signature calculated from the matched transcriptome data. Results NE differentiation was present in 27/86 cases with a mean of 21.01% +/− 20.9 within the tumour area. We compared the expression of our NE gene signature with the proportion of NE morphology and observed a moderate correlation between morphology with the gene expression (R^2 = 0.546, P < 0.001 ordinary least squares regression), providing validation that the organoid/NET-like morphological pattern correlates with NE differentiation. Furthermore, we have validated the presence of NE morphology in a subset of the UHN samples using electron microscopy and immunohistochemistry (chromogranin and synaptophysin). Conclusion This is a first of a kind study to profile a specific morphology with a transcriptional signature within EAC across a large cohort of patient samples. Correlation of NE-features with clinical outcome together with treatment resistant implications is currently underway.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».