Likely foregut endoderm origin for a postzygotic mutation affecting the RNase IIIb domain of DICER1
Notice bibliographique
Résumé
In 2016, we reported a child with bilateral lung cysts and left lung type II pleuropulmonary blastoma (PPB), classic phenotypes of DICER1 syndrome; we identified a DICER1 hotspot mutation c.5425G>A, p.Gly1809Arg in both a lung cyst and PPB, but the variant was absent in other tissues studied. A somatic mutation (c.1966C>T, p.Arg656Ter) was identified in the PPB, and mosaicism was suspected.1 The child has since developed multinodular goitre (MNG) with cystic thyroid nodules. We have now detected p.Gly1809Arg in the thyroid lesions, while various other tissues were negative. The exquisite localisation of the variant confirms mosaicism and strongly suggests it arose in embryonic foregut endoderm between gestational days 16 and 26. Mosaicism is a phenomenon where two genetically distinct populations of cells arise following postzygotic acquisition in one cell of a de novo mutation.2 DICER1 syndrome is a paediatric multitumour predisposition syndrome caused typically by germline loss-of-function DICER1 variants, but some predisposing mosaic DICER1 mutations have also been described.1 3 4 DICER1 encodes an endoribonuclease that processes hairpin precursors into mature microRNAs that, in turn, post-transcriptionally regulate target messenger RNA expression. Syndromic tumours result from acquisition of a somatic, second variant that typically affects DICER1’s critical RNase IIIb cleavage domain. These variants are referred to as ‘hotspot mutations’ and include NM_177438.3: c.5425G>A, p.Gly1809Arg. Common phenotypes of DICER1 syndrome include PPB, MNG, cystic nephroma and Sertoli-Leydig cell tumour. Previously, to assess mosaicism 1 in multiple tissues obtained when the patient’s age ranged from 11 months to age 15 years, DNA was analysed using a Fluidigm Access Array and the HaloPlex HS Target Enrichment System, followed by deep sequencing. However, the results were inconclusive because no completely normal lung tissue was available for study, the p.Gly1809Arg variant was not found in DNA derived from saliva, head hair or blood …
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».