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Enregistrement W3199547758 · doi:10.1101/2021.09.14.21263565

An Integrated Molecular Atlas of Alzheimer’s Disease

2021· preprint· en· W3199547758 sur OpenAlexfundno aff
Maria A. Wörheide, Jan Krumsiek, Serge Nataf, Kwangsik Nho, Anna K. Greenwood, Tong Wu, Kevin Huynh, Patrick Weinisch, Werner Römisch‐Margl, Nick Lehner, Jan Baumbach, Peter J. Meikle, Andrew J. Saykin, P. Murali Doraiswamy, Cornelia M. van Duijn, Karsten Suhre, Rima Kaddurah‐Daouk, Gabi Kastenmüller, Matthias Arnold

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBioinformatics and Genomic Networks
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringCanadian Institutes of Health ResearchNational Institute on AgingWeill Cornell Medical CollegeNational Institutes of HealthGenentechIXICOH. Lundbeck A/SServierEisaiNorthern California Institute for Research and EducationPfizerBiogenBioClinicaQatar FoundationF. Hoffmann-La RocheUniversity of Southern CaliforniaEli Lilly and CompanyU.S. Department of DefenseCure Alzheimer's FundMeso Scale DiagnosticsAlzheimer's Disease Neuroimaging InitiativeNovartis Pharmaceuticals CorporationBristol-Myers SquibbAlzheimer's AssociationWeill Cornell Medicine - QatarFoundation for the National Institutes of Health
Mots-clésDiseaseComputational biologyContext (archaeology)Resource (disambiguation)Drug targetOmicsPopulationBiologyComputer scienceBioinformaticsMedicinePathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Alzheimer’s disease (AD) is a complex neurodegenerative disorder with multifactorial etiology and widespread molecular manifestations. Investigating molecular disease associations in a broader multi-level context across omics modalities remains one central challenge in AD research, despite the increasing availability of large-scale omics data. The AD Atlas, an online multi-omics resource, provides access to harmonized, disease-relevant data from over 25 large studies on 20,363 protein-coding genes, 8,396 proteins, 1,328 metabolites and 43 AD-related phenotypes interconnected by 979,190 significant associations. Results from AD-specific omics studies from AMP-AD, NIAGADS, and other initiatives are complemented with molecular associations from population-based studies in a comprehensive network resource to provide a genome-scale molecular view on AD. In a deep learning-based evaluation of the AD Atlas content, we demonstrate the utility of the network for data-driven identification of modules strongly enriched for AD-related functional domains. We provide full access to the AD Atlas at www.adatlas.org .

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,012
Score d'incertitude au seuil0,039

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0040,004
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0120,005

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,257
Écart entre enseignants0,244 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations17
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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