A melting pot in the Arctic: Analysis of mitogenome variation in Arctic char (<i>Salvelinus alpinus</i>) reveals a 1000‐km contact zone between highly divergent lineages
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Analysing the geographical distribution of evolutionary linages can reveal the potential locations of past refugia and colonisation routes and thus can improve understanding of current patterns of genetic variation and adaptive potential. We analysed 94 full mitogenome sequences to assess phylogeographic relationships amongst ten Arctic char (Salvelinus alpinus) populations, from western Greenland, eastern Greenland, Iceland and Norway. In addition, we excised D‐loop sequences, which were combined with previously published data in order to provide a circumpolar phylogeographical overview. In western Greenland, a secondary contact zone between Arctic and Atlantic evolutionary lineages was identified, spanning >1000 km, which geographically parallels a similar contact zone in Labrador, Canada. In eastern Greenland, Iceland and Norway, the Atlantic lineage was exclusively observed, whereas the northernmost western Greenland populations belonged to the Arctic lineage. The Arctic and Atlantic lineages were estimated to have diverged ca. 400,000 years BP, corresponding to the onset of the Saale glaciation, whereas the time of the most recent common ancestor (TMRCA) of the Arctic lineage was ca. 15,000 years BP. The Atlantic lineage comprised two subclades, with an estimated TMRCA of 60,000 BP, suggesting a complex history involving cryptic refugia or multiple recolonisations. Codon‐based tests revealed no evidence for positive selection within the 13 coding genes, indicating that there are no mitochondrial genetic adaptations within or between lineages. Higher genetic diversity observed within the contact zone likely correlates with higher standing genetic variation that could contribute to adaptive responses and morphological diversification, which Arctic char is renowned.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».