The epithelial splicing regulator <i>ESRP2</i> is epigenetically repressed by DNA hypermethylation in Wilms tumour and acts as a tumour suppressor
Notice bibliographique
Résumé
Wilms tumour (WT), an embryonal kidney cancer, has been extensively characterised for genetic and epigenetic alterations, but a proportion of WTs still lack identifiable abnormalities. To uncover DNA methylation changes critical for WT pathogenesis, we compared the epigenome of foetal kidney with two WT cell lines, filtering our results to remove common cancer-associated epigenetic changes and to enrich for genes involved in early kidney development. This identified four hypermethylated genes, of which ESRP2 (epithelial splicing regulatory protein 2) was the most promising for further study. ESRP2 was commonly repressed by DNA methylation in WT, and this occurred early in WT development (in nephrogenic rests). ESRP2 expression was reactivated by DNA methyltransferase inhibition in WT cell lines. When ESRP2 was overexpressed in WT cell lines, it inhibited cellular proliferation in vitro, and in vivo it suppressed tumour growth of orthotopic xenografts in nude mice. RNA-seq of the ESRP2-expressing WT cell lines identified several novel splicing targets. We propose a model in which epigenetic inactivation of ESRP2 disrupts the mesenchymal to epithelial transition in early kidney development to generate WT.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».