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Enregistrement W3199776645 · doi:10.1101/2021.09.03.21262841

COVID-19 Bimodal Clinical and Pathological Phenotypes

2021· preprint· en· W3199776645 sur OpenAlexaff
Sabrina Setembre Batah, Maíra Nilson Benatti, Li Siyuan, W. Telini, Jamile Barbosa, Marcelo Bezerra de Menezes, Tales Rubens de Nadai, Keyla Santos Guedes de Sá, Chirag M. Vaswani, Sahil Gupta, Dario S. Zamboni, Danilo Tadao Wada, Rodrigo T. Calado, Renê Donizeti Ribeiro de Oliveira, Paulo Louzada‐Júnior, Maria Auxiliadora‐Martins, Flávio P. Veras, Larissa D. Cunha, Thiago M. Cunha, Rodrigo Luppino Assad, Marcelo Luiz Balancin, Sirlei Siani Moráis, Ronaldo B. Martins, Eurico Arruda, Fernando Chahud, Marcel Koenigkam Santos, Andrea Antunes Cetlin, Fernando Q. Cunha, Claúdia C. dos Santos, Vera Luíza Capelozzi, Junya Fukuoka, Rosane Duarte Achcar, Alexandre Todorovic Fabro

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCOVID-19 Clinical Research Studies
Établissements canadiensUniversity of TorontoCanada Research ChairsSt. Michael's Hospital
Organismes subventionnairesUniversidade de São PauloFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo
Mots-clésMedicinePathologicalThrombusPhenotypePathologyLungPlateletARDSInternal medicineCoronavirus disease 2019 (COVID-19)Diffuse alveolar damageFibrosisGastroenterologyDiseaseAcute respiratory distressGeneBiologyInfectious disease (medical specialty)

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Background Patients with coronavirus disease-2019 (COVID-19) present varying clinical complications. Different viral load and host response related to genetic and immune background are probably the reasons for these differences. We aimed to sought clinical and pathological correlation that justifies the different clinical outcomes among COVID-19 autopsies cases. Methods Minimally invasive autopsy was performed on forty-seven confirmed COVID-19 patients from May-July, 2020. Electronic medical record of all patients was collected and a comprehensive histopathological evaluation was performed. Immunohistochemistry, immunofluorescence, special stain, western blotting and post-mortem real-time reverse transcriptase polymerase chain reaction on fresh lung tissue were performed. Results We show that 5/47 (10,6%) patients present a progressive decline in oxygenation index for acute respiratory distress syndrome (PaO 2 /FiO 2 ratio), low compliance levels, interstitial fibrosis, high α-SMA+ cells/protein expression, high collagens I/III deposition and NETs(P<0.05), named as fibrotic phenotype (N=5). Conversely, 10/47 (21,2%) patients demonstrated progressive increase in PaO 2 /FiO 2 ratio, high pulmonary compliance levels, preserved elastic framework, increase thrombus formation and high platelets and D-dimer levels at admission (P<0.05), named as thrombotic phenotype. While 32/47 (68,1%) had a mixed phenotypes between both ones. Conclusions We believe that categorization of patients based on these two phenotypes can be used to develop prognostic tools and potential therapies since the PaO 2 /FiO 2 ratio variation and D-dimer levels correlate with the underlying fibrotic or thrombotic pathologic process, respectively; which may indicate possible clinical outcome of the patient.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,012

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,173
Tête enseignante GPT0,498
Écart entre enseignants0,325 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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