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Enregistrement W3200269842 · doi:10.1093/dote/doab052.267

267 INTESTINAL STEM CELL MARKERS AND ITS POTENTIAL USE IN THE CLINICOPATHOLOGICAL SETTING OF ESOPHAGEAL ADENOCARCINOMA

2021· article· en· W3200269842 sur OpenAlexaff
Yukiko Shibahara, Osvaldo Espin‐Garcia, James Conner, Jessica Weiss, Mathieu Derouet, Jonathan Allen, Gavin W. Wilson, Frances Allison, Sangeetha Kalimuthu, Rebecca Wong, Elena Elimova, Jonathan Yeung, Gail Darling

Notice bibliographique

RevueDiseases of the Esophagus · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueEsophageal Cancer Research and Treatment
Établissements canadiensToronto General HospitalMount Sinai HospitalPrincess Margaret Cancer CentreUniversity of TorontoUniversity Health Network
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésLGR5BMI1MedicineCDX2ImmunohistochemistryTissue microarrayStem cellOncologyStem cell markerPathologyInternal medicineProportional hazards modelSurvival analysisEsophageal cancerCancer stem cellCancerBiologyGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Barrett’s esophagus (BE) is the primary precursor lesion of esophageal adenocarcinoma (EAC), which not only resembles the intestinal mucosa morphologically but also expresses various intestinal stem cell (ISC) markers. We hypothesized that ISC markers, Lgr5 (also a cancer stem cell marker), Ascl2 (fate determinator of ISC),Bmi1 (quiescent counterpart of Lgr5) and Cdx2 (primary regulator of ISC gene expression) have clinicopathological significance and could potentially be a predictor for survival in EAC. Methods Tissue microarray consisted of 64 EAC and 22 BE, and the expressions of Lgr5, Ascl2, Bmi1 and Cdx2 were analyzed using immunohistochemistry and scored independently by two pathologists. Clinicopathological factors (age, pathological grade and stage, affected lymph nodes, neoadjuvant therapy) were confounding factors, and univariable analysis using Fisher's exact tests as well as survival analysis using the Kaplan–Meier (KM) method and Cox proportional hazards regression (Cox PH) were performed to investigate its statistical significance. We performed a bioinformatic analysis of the TCGA dataset to validate the immunohistochemical findings. Results Among EAC, 69%, 88%, 64% and 70% expressed high Ascl2, Lgr5, Bmi1 and Cdx2, respectively. High Ascl2 and low Lgr5 expression significantly correlated to a higher number of involved lymph nodes; high Bmi1 expression significantly correlated to the pathological stage. Cdx2 was not correlated to any markers. KM analysis showed a negative impact of high Ascl2 expression on overall survival (OS; p = 0.0276) as well as progression-free survival (PFS; p = 0.0466), but not Lgr5, Bmi1 nor Cdx2. Cox PH analysis revealed Ascl2 (p = 0.011), and Cdx2 (p = 0.015) expression are independent prognostic factors for EAC. Conclusion Our results suggest that among the four ISC markers, Ascl2 and Cdx2 protein holds potential to be utilized as a prognostic biomarker. TCGA dataset revealed the association of ASCL2 mRNA expression with the number of positive lymph nodes but not overall survival, which implies further research is needed to explain the mechanism of Ascl2 overexpression in EAC carcinogenesis via ISC regulation.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,027
Tête enseignante GPT0,294
Écart entre enseignants0,267 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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