Multiomic Analysis Reveals Comprehensive Tumor Heterogeneity and Distinct Immune Subtypes in Multifocal Intrahepatic Cholangiocarcinoma
Notice bibliographique
Résumé
PURPOSE: Targeted therapy and immunotherapy are transforming the treatment approach for intrahepatic cholangiocarcinoma (ICC). However, little is known about the intertumor heterogeneity (ITH) of multifocal ICC and its impacts on patient response to these treatments. We aimed to characterize the immunogenomic and epigenomic heterogeneity of multifocal ICC to guide treatment decision making. EXPERIMENTAL DESIGN: We obtained 66 tumor samples from 16 patients with multifocal ICC and characterized the tumor and immune heterogeneity using whole-exome sequencing, bulk and single-cell RNA sequencing, methylation microarray, and multiplex immunostaining. Patients were divided into high- or low-ITH groups according to the median ITH index. Two independent cohorts were used to validate findings. Responses to anti-PD-1 therapy were assessed. RESULTS: Multifocal ICC presented considerable intertumor genomic, transcriptional, and epigenomic heterogeneity within a patient in high ITH group. The immune profile among multiple tumors within a patient was relatively less heterogeneous in high- or low-ITH group, and consistent responses of multiple tumors to anti-PD-1 immunotherapy were observed. Unsupervised clustering of immune markers identified one low and one high immune subtype, with higher immune cell infiltration, closer tumor-immune cell interactions, and upregulated IFN-signature expression in high-immune subtype. Determining expression levels of CD8B and ICOS facilitated this immune classification and prediction of patient prognosis. Finally, promoter DNA methylation contributed to different immune profiles of two subtypes by regulating immune-gene expression. CONCLUSIONS: There is comprehensive heterogeneity in the genome, transcriptome, and epigenome of multifocal ICC. On the basis of the less heterogeneous immune profile of ICC, we suggest an immune classification that stratifies patients' prognosis and may support personalized immunotherapy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».