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Enregistrement W3200337234 · doi:10.1136/gutjnl-2020-bsgcampus.209

P134 The inflammatory bowel disease bioresource: focus on research facilitation

2021· article· en· W3200337234 sur OpenAlexaboutno aff
Laetitia Pele, Rachel Simpkins, Catherine Thorbinson, Deepthy Francis, Rasha Shawky, Miles Parkes

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueInflammatory Bowel Disease
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésInflammatory bowel diseaseMedicineFamily medicineBiobankDiseaseClinical trialPhysical therapyInternal medicineBioinformatics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Introduction The Inflammatory Bowel Disease (IBD) BioResource is a UK-wide platform comprising >32,000 Crohn’s and colitis patients across >100 participating hospitals with a long-standing goal of fostering IBD Research to expedite clinical translation. For each patient recruited, clinical and self-reported phenotype data are collected, alongside plasma, serum and DNA samples for genetic analyses. The resulting data-rich panel is open to any investigators wishing to access data/samples or recall genotype-selected participants to donate further samples or trial novel therapies. Methods Building the IBD BioResource panel: Patients’ clinical data are collected at recruitment by the IBD team through a clinical data sheet based on the Montreal classification while health and lifestyle information are obtained via a patient questionnaire. All include demographics, smoking habits, general and IBD specific health questions, family history of IBD and non-IBD conditions, medication, treatment, surgery history and co-morbidities. The IBD BioResource panel also holds Whole Genome/Exome sequencing and GWAS data derived from its detailed biological samplings. Accessing the IBD BioResource panel: The built-in panel of patients and their data is open to any investigators from science or industry. Following feasibility checks, submitted research applications are reviewed by the NIHR BioResource Scientific Advisory Board (SAB) based on scientific merits and projected benefit to patients. Upon study approval, patients meeting inclusion criteria are contacted by the NIHR BioResource team with a letter of invitation and a patient information leaflet. For volunteers willing to participate, appropriate arrangements are then made to gather information, collect fresh biological samples or engage patients in intervention studies. Results To date 26 ‘Stage 2 studies’ applied to utilise the IBD BioResource, 18 of which are currently active, 4 completed and 4 pending approval. Of the 26 applications, ~20% requested access to anonymised samples/data while the remaining ~80% required involvement of participants. Applications are national, with 7 from London, 6 from Cambridge, 4 from Oxford, 2 from Leeds. 2 from Pharma and 1 from Manchester, Exeter, Wolverhampton, Liverpool and Edinburgh. Field of studies include genetics, predictors and management of IBD; environmental, microbial and immunological contributors, fertility and well-being. Conclusion The IBD BioResource and its network are on course to facilitating IBD Research through access to their panel and furthering knowledge/understanding of IBD for the benefit of Crohn’s and colitis patients.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,048
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,111
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,262
Score d'incertitude au seuil0,877

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0480,111
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0040,005
Communication savante0,0130,012
Science ouverte0,0040,015
Intégrité de la recherche0,0150,012
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,2620,157

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,293
Écart entre enseignants0,274 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2021
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