Investigation of the impact of stool collection methods on the metabolomics analysis/profiles of infant fecal samples
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Metabolomic studies are important to understand microbial metabolism and interaction between the host and the gut microbiome. Although there have been efforts to standardize sample processing in metabolomic studies, infant samples are mostly disregarded. In birth cohort studies, the use of diaper liners is prevalent and its impact on fecal metabolic profile remains untested. In this study, we compared metabolite profiles of fecal samples collected as solid stool and those collected from stool saturated liner. One infant’s stool sample was collected in triplicate for solid stool and stool saturated liner. Comprehensive metabolomics analysis of the fecal samples was performed using NMR, UPLC and DI-MS. The total number, identities and concentrations of the metabolites were determined and compared between stool sample collection methods (stool vs. liner). The number and identity of metabolites did not differ between collection methods for NMR and DI-MS when excluding metabolites with a coefficient of variation (CV) > 40%. NMR analysis demonstrated lowest bias between collection methods, and lowest technical precision between triplicates of the same method followed by DI-MS then UPLC. Concentrations of many metabolites from stool and stool saturated liner differed significantly as revealed by Bland-Altman plots and t-tests. Overall, a mean bias of 10.2% in the Bland-Altman analysis was acceptable for some metabolites confirming mutual agreement but not for others with a wide range of bias (−97-117%). Consequently, stool and stool-saturated liner could be used interchangeably only for some select metabolite classes e.g. amino acids. Differences between the metabolomic profiles of solid stool samples and stool saturated liner samples for some important molecules e.g., ethanol, fumarate, short chain fatty acids and bile acids, indicate the need for standardization in stool collection method for metabolomic studies performed in infants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,010 | 0,017 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».