Building the What Comes Next Cohort for <i>BRCA1</i> and <i>BRCA2</i> testing: a descriptive analysis
Notice bibliographique
Résumé
Background: Our understanding of how testing for and mutations of the BRCA1 and BRCA2 genes affect cancer risk and the use of risk-reduction strategies comes largely from studies of women recruited from specialized genetics clinics. Our aim was to assemble a generalizable cohort of women who underwent BRCA1/BRCA2 testing (the What Comes Next Cohort), irrespective of test result, to enable study of health care utilization and outcomes after testing. Methods: This descriptive study included adult women (≥ 18 yr) who met at least 1 of 13 provincial criteria for BRCA1/BRCA2 testing and who underwent genetic testing at sites in Ontario, Canada, from 2007 to 2016. Most of the women were tested at 1 of 2 main sites, which together capture about 70% of all BRCA1/BRCA2 testing in the province. We collected detailed demographic, genetic testing and family history data through chart review for linkage with data from administrative health databases providing information on cancer history before and after testing. We followed all women to September 2019, evaluating the demographic characteristics of the cohort, indications for testing and test results. Results: We identified 15 986 women (mean age 52.5 [standard deviation 13.9] yr) who underwent BRCA1/BRCA2 testing. Of these, 2033 women had positive results, 1175 women had variants of uncertain significance, and 12 778 women had negative results. Positive yields were 41.0% (955/2329) for predictive testing (for familial variants), 10.4% (216/2072) for Ashkenazi Jewish founder testing and 7.4% (862/11 585) for complete gene analysis. Six of the 13 provincial testing criteria had less than 10% positive yield. Among 403 women who tested negative for Ashkenazi Jewish founder mutations and subsequently underwent complete gene analysis, 12 (3.0%) tested positive for alternate pathogenic or likely pathogenic variants in the BRCA1 or BRCA2 gene. Interpretation: Several provincial eligibility criteria for BRCA1/BRCA2 testing led to positive results in less than 10% of cases. How testing influences women’s health care behaviours, particularly those with negative results and those found to carry variants of uncertain significance, is unknown; the What Comes Next Cohort will be instrumental in the study of long-term implications of BRCA1/BRCA2 testing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».