Gastroesophageal reflux disease is associated with differences in the allograft microbiome, microbial density and inflammation in lung transplantation
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Rationale Gastroesophageal reflux disease (GERD) may affect lung allograft inflammation and function through its effects on allograft microbial community composition in lung transplant recipients. Objectives Our objective was to compare the allograft microbiota in lung transplant recipients with or without clinically diagnosed GERD in the first post-transplant year, and assess associations between GERD, allograft microbiota, inflammation and acute and chronic lung allograft dysfunction (ALAD/CLAD). Methods 268 bronchoalveolar lavage samples were collected from 75 lung transplant recipients at a single transplant centre every 3 months post-transplant for 1 year. Ten transplant recipients from a separate transplant centre provided samples pre/post-anti-reflux Nissen fundoplication surgery. Microbial community composition and density were measured using 16S rRNA gene sequencing and qPCR, respectively and inflammatory markers and bile acids were quantified. Measurements and Main Results We observed three community composition profiles (labelled community state types, CSTs 1-3). Transplant recipients with GERD were more likely to have CST1, characterized by high bacterial density and relative abundance of the oropharyngeal colonizing genera Prevotella and Veillonella . GERD was associated with more frequent transition to CST1. CST1 was associated with lower per-bacteria inflammatory cytokine levels than the pathogen-dominated CST3. Time-dependant models revealed associations between CST3 and development of ALAD/CLAD. Nissen fundoplication decreased bacterial load and pro-inflammatory cytokines. Conclusion GERD was associated with a high bacterial density, Prevotella/Veillonella dominated CST1. CST3, but not CST1 or GERD, was associated with inflammation and early development of ALAD/CLAD. Nissen fundoplication was associated with decreases in microbial density in BALF samples, especially the CST1-specific genus, Prevotella .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».