Low Genetic Connectivity of Strongly Inbred Ruppia brevipedunculata in Aquaculture Dominated Lagoons (Viet Nam)
Notice bibliographique
Résumé
Lagoonal environments exhibit high levels of instability depending on hydrological, climatic and ecological factors, thereby influencing the distribution and structure of submerged plant communities. Conditions typically fluctuate widely due to the interaction of freshwater from rivers with saltwater from the sea, as well as from aquaculture activities that together influence submerged hydrophyte community spatial and temporal variability depending on plant survival strategies. Ruppia species feature either underwater pollination mediated by an air bubble or by the release of pollen floating at the water surface, the former promoting self-pollination. Tropical Asian Ruppia brevipedunculata Yu and den Hartog was assumed to pollinate below the water surface and identified as a separate lineage among selfed Ruppia taxa. We used nine nuclear microsatellites to estimate inbreeding levels and connectivity of R. brevipedunculata within a large SE Asian lagoon complex. Ruppia brevipedunculata meadows were strongly inbred as could be derived from the many monomorphic or totally fixed loci for unique alleles in different parts of the lagoon, which appears consistent with selfing behavior. Those from aquaculture ponds were highly inbred (FIS = 0.620), though less than open lagoon sites that showed nearly total inbreeding (FIS = 0.942). Ruppia brevipedunculata from two major lagoon parts were highly differentiated with spatially structured gene pools and a strong barrier between parts of the lagoon over a 30 km distance. Migration-n analysis indicated unidirectional though limited gene flow and following potential hydrological connectivity. Overall, private alleles under homozygote conditions explained a stronger genetic differentiation of populations situated inside aquaculture ponds than of open lagoon populations. Kinship values were only relevant up to 5 km distance in the open lagoon. Within a confined area of aquaculture ponds featuring dense vegetation in stagnant water, there would be opportunity for mixed pollination, thereby explaining the higher diversity of unique multilocus genotypes of aquaculture pond habitats. Low connectivity prevents gene pools to homogenize however promoted sites with private alleles across the lagoon. Complex hydrodynamic systems and human-made habitats enclosed by physical structures impose barriers for propagule dispersal though may create refugia and contribute to conserving regional genetic diversity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».