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Enregistrement W3200614585 · doi:10.1101/2021.09.06.21262776

BCL11A intellectual developmental disorder: defining the clinical spectrum and genotype-phenotype correlations

2021· preprint· en· W3200614585 sur OpenAlexaff
Angela Peron, Felice D’Arco, Kimberly A. Aldinger, Constance Smith‐Hicks, Christiane Zweier, Gyri Aasland Gradek, Kimberley Bradbury, Andrea Accogli, Erica Andersen, Ping Yee Billie Au, Roberta Battini, Daniah Beleford, Lynne M. Bird, Arjan Bouman, Ange‐Line Bruel, Øyvind L. Busk, Philippe M. Campeau, Valeria Capra, Colleen M. Carlston, Jenny Carmichael, Anna Chassevent, Jill Clayton‐Smith, Michael J. Bamshad, Dawn Earl, Laurence Faivre, Christophe Philippe, Patrick Ferrerira, Luitgard Graul‐Neumann, Mary J. Green, Darrah Haffner, Parthiv Haldipur, Suhair Hanna, Gunnar Houge, Jane A. Hurst, Cornelia Kraus, Birgit Elisabeth Kristiansen, James Lespinasse, Karen Low, Sally Ann Lynch, Sofia Maia, Rong Mao, Ruta Marcinkute, Catherine Melver, Kimberly S. McDonald, Tara Montgomery, Manuela Morleo, Constance Motter, Amanda Openshaw, Janice C. Palumbos, Aditi Shah Parikh, Richard Person, Megha Desai, Juliette Piard, Rolph Pfundt, Marcello Scala, Margaux Serey‐Gaut, Anne Slavotinek, Mohnish Suri, Claire Turner, Tatiana Tvrdik, Karin Weiss, Ingrid M. Wentzensen, Marcella Zollino, Bert B.A. de Vries, François Guillemot, William B. Dobyns, David Viskochil, Cristina Dias

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueChromatin Remodeling and Cancer
Établissements canadiensCentre Hospitalier Universitaire Sainte-JustineAlberta Children's HospitalUniversité de MontréalUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesNational Institutes of HealthNational Institute for Health and Care ResearchFrancis Crick InstituteWellcome TrustMedical Research CouncilChildren’s Hospital of Wisconsin Research InstituteSeattle Children's Research InstituteUniversity of Washington
Mots-clésIntellectual disabilityMicrocephalyHypotoniaAutism spectrum disorderGlobal developmental delayFrameshift mutationPhenotypeNeurodevelopmental disorderGeneticsMedicinePsychologyAutismPediatricsBiologyPsychiatryGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Purpose Heterozygous variants in BCL11A underlie an intellectual developmental disorder with persistence of fetal hemoglobin (BCL11A-IDD, a.k.a. Dias-Logan syndrome). We sought to delineate the genotypic and phenotypic spectrum of BCL11A-IDD. Methods We performed an in-depth analysis of 42 patients with BCL11A-IDD ascertained through a collaborative network of clinical and research colleagues. We also reviewed 33 additional affected individuals previously reported in the literature or available through public repositories with clinical information. Results Molecular and clinical data analysis of 75 patients with BCL11A-IDD identified 60 unique variants (30 frameshift, 7 missense, 6 splice-site, 17 stop-gain) and 8 unique CNVs (microdeletions involving BCL11A only). We redefined the most frequent manifestations of the condition: intellectual disability, hypotonia, behavioral abnormalities, postnatal microcephaly and autism spectrum disorder. Two thirds of patients have brain MRI abnormalities, and we identified a recurrent posterior fossa phenotype of vermian hypoplasia and/or small brainstem. Truncating BCL11A variants, particularly those affecting the long (BCL11A-L) and extra-long (-XL) isoforms, sparing the short (-S) isoform, were associated with increased severity. Conclusions We expand the clinical delineation of BCL11A-IDD and identify a potential isoform-specific genotype-phenotype correlation. We show that BCL11A-IDD is associated with posterior fossa anomalies and highlight the differences between BCL11A-IDD and 2p16.1p15 microdeletion syndrome.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,367
Score d'incertitude au seuil0,728

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,023
Tête enseignante GPT0,290
Écart entre enseignants0,268 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations8
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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