Diet affects the composition and diversity of the Mammalian gut microbiota
Notice bibliographique
Résumé
The mammalian gut microbiota is colonized by a complex and dynamic population of microbes, and has been shown to play a substantial role in mediating health and disease in individuals. Although the gut microbiome is subjected to a wide variety of host and environmental factors that influence microbial composition, diet is considered as one of the main drivers involved in shaping the gut microbiome structure. The composition of the mammalian gut microbiota has been shown to correlate with the secretion of specialized enzymes used to metabolize distinct substrates across the three main diet categories: carnivory, omnivory, and herbivory. Herbivores have been shown to have the greatest microbial diversity, driven by the need for microbial assemblages to break down recalcitrant plant fibres into usable energy. In this study, we analyzed alpha and beta diversity from a data set composed of 41 mammalian species spanning across 6 orders. We confirm previous results that mammals belonging to different diet types harbour distinctly different gut microbial communities. We also show that certain microbial families are associated with each of the three diet categories through indicator taxonomy analysis. Furthermore, the relationship between the proportion of plants in the diet and the gut microbial composition in omnivores is inconclusive. Collectively, these results allowed us to further our understanding into the effects of diet on the mammalian gut microbiota.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».