Captive animal gut microbiota is populated with microorganisms that are relevant to the digestion of host dominant diet
Notice bibliographique
Résumé
Diet contributes to changes in animal gut microbiomes, which in turn impacts host fitness and immune system development. Drastic changes in diet are often inevitable when animals adjust to captive lifestyles in facilities and could influence host health status by shifting gut microbiome composition. In this study, we evaluated the effects of the dominant diet component on the variation of gut microbiota biodiversity of captive herbivores, omnivores and carnivore species. We performed 16S rRNA gene amplicon sequencing analysis using QIIME2 and R. Alpha diversity differed significantly (Faith’s phylogenetic distance p = 0.04; Pielou’s evenness p = 0.01) among herbivore groups primarily consuming fruits versus general plant materials, but not observed for the same diet grouping in omnivores. Captive carnivores with invertebrate-dominant diets had higher phylogenetic diversity (p = 0.005) compared to those primarily consuming mammals and birds. The most prevalent and abundant microbial taxa in the gut microbiota vary with the general diet types (carnivore, herbivore, and omnivore). Additionally, among the dominant food-type consumed, the key microbial taxa that significantly differ in abundance likely play functional roles in host digestion. These insights to bacterial biodiversity within captive species, ranging from herbivorous to carnivorous species, can potentially aid conservation management practices that aim to improve animal health and wellbeing in captivity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».