Testing for heterogeneous rates of discrete character evolution on phylogenies
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Many hypotheses in the field of phylogenetic comparative biology involve specific changes in the rate or process of trait evolution. We present a method designed to test whether the rate of evolution of a discrete character has changed in one or more clades, lineages, or time periods. This method differs from other related approaches (such as the ‘covarion’ model) in that the ‘regimes’ in which the rate or process is postulated to have changed are specified a priori by the user, rather than inferred from the data. Similarly, it differs from methods designed to model a correlation between two binary traits in that the regimes mapped onto the tree are fixed. We apply our method to investigate the rate of dewlap color and/or caudal vertebra number evolution in Caribbean and mainland clades of the diverse lizard genus Anolis . We find little evidence to support any difference between mainland and island evolution in either character. We also examine the statistical properties of the method more generally and show that it has acceptable type I error, parameter estimation, and power. Finally, we discuss the relationship of our method to existing models of heterogeneity in the rate of discrete character evolution on phylogenies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,072 | 0,268 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,008 |
| Communication savante | 0,004 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».