Demographic history and patterns of molecular evolution from whole genome sequencing in the radiation of Galapagos giant tortoises
Notice bibliographique
Résumé
Whole genome sequencing provides deep insights into the evolutionary history of a species, including patterns of diversity, signals of selection, and historical demography. When applied to closely related taxa with a wealth of background knowledge, population genomics provides a comparative context for interpreting population genetic summary statistics and comparing empirical results with the expectations of population genetic theory. The Galapagos giant tortoises (Chelonoidis spp.), an iconic rapid and recent radiation, offer such an opportunity. Here, we sequenced whole genomes from three individuals of the 12 extant lineages of Galapagos giant tortoise and estimate diversity measures and reconstruct changes in coalescent rate over time. We also compare the number of derived alleles in each lineage to infer how synonymous and nonsynonymous mutation accumulation rates correlate with population size and life history traits. Remarkably, we find that patterns of molecular evolution are similar within individuals of the same lineage, but can differ significantly among lineages, reinforcing the evolutionary distinctiveness of the Galapagos giant tortoise species. Notably, differences in mutation accumulation among lineages do not align with simple population genetic predictions, suggesting that the drivers of purifying selection are more complex than is currently appreciated. By integrating results from earlier population genetic and phylogeographic studies with new findings from the analysis of whole genomes, we provide the most in-depth insights to date on the evolution of Galapagos giant tortoises, and identify discrepancies between expectation from population genetic theory and empirical data that warrant further scrutiny.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».