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Enregistrement W3201435727 · doi:10.1097/j.pain.0000000000002481

Identifying genetic determinants of inflammatory pain in mice using a large-scale gene-targeted screen

2021· article· en· W3201435727 sur OpenAlexafffund
Janine M. Wotton, Emma Peterson, Ann M. Flenniken, Rasneer Sonia Bains, Surabi Veeraragavan, Lynette Bower, Jason A. Bubier, Marc Parisien, Alexandr Bezginov, Hamed Haselimashhadi, Jeremy Mason, Michayla Moore, Michelle Stewart, Dave Clary, Daniel Delbarre, Laura Anderson, Abigail D’Souza, Leslie O. Goodwin, Mark E. Harrison, Ziyue Huang, Matthew Mckay, Dawei Qu, Luís Santos, Subhiksha Srinivasan, Rachel Urban, Igor Vukobradovic, Christopher Ward, Amelia Willett, Robert E. Braun, Steve D. M. Brown, Mary E. Dickinson, Jason D. Heaney, Vivek Kumar, K. C. Kent Lloyd, Ann‐Marie Mallon, Colin McKerlie, Stephen A. Murray, Lauryl M. J. Nutter, Helen Parkinson, John R. Seavitt, Sara Wells, Rodney C. Samaco, Elissa J. Chesler, Damian Smedley, Luda Diatchenko, Kyle M. Baumbauer, Erin E. Young, Robert P. Bonin, Silvia Mandillo, Jacqueline K. White

Notice bibliographique

RevuePain · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePain Mechanisms and Treatments
Établissements canadiensUniversity of TorontoMcGill UniversityHospital for Sick ChildrenToronto Centre for PhenogenomicsLunenfeld-Tanenbaum Research Institute
Organismes subventionnairesEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentMedical Research CouncilNational Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin DiseasesCommon FundNational Institute of Environmental Health SciencesEuropean Molecular Biology LaboratoryNational Institute on Drug AbuseNational Institute on Deafness and Other Communication DisordersCanada Excellence Research Chairs, Government of CanadaNational Human Genome Research InstituteNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthOffice of Research on Women's HealthNational Institute of Neurological Disorders and Stroke
Mots-clésNociceptionGene knockoutKnockout mouseConditional gene knockoutGeneMedicinePhenotypeNeuroscienceBioinformaticsBiologyComputational biologyGeneticsReceptor

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT: Identifying the genetic determinants of pain is a scientific imperative given the magnitude of the global health burden that pain causes. Here, we report a genetic screen for nociception, performed under the auspices of the International Mouse Phenotyping Consortium. A biased set of 110 single-gene knockout mouse strains was screened for 1 or more nociception and hypersensitivity assays, including chemical nociception (formalin) and mechanical and thermal nociception (von Frey filaments and Hargreaves tests, respectively), with or without an inflammatory agent (complete Freund's adjuvant). We identified 13 single-gene knockout strains with altered nocifensive behavior in 1 or more assays. All these novel mouse models are openly available to the scientific community to study gene function. Two of the 13 genes (Gria1 and Htr3a) have been previously reported with nociception-related phenotypes in genetically engineered mouse strains and represent useful benchmarking standards. One of the 13 genes (Cnrip1) is known from human studies to play a role in pain modulation and the knockout mouse reported herein can be used to explore this function further. The remaining 10 genes (Abhd13, Alg6, BC048562, Cgnl1, Cp, Mmp16, Oxa1l, Tecpr2, Trim14, and Trim2) reveal novel pathways involved in nociception and may provide new knowledge to better understand genetic mechanisms of inflammatory pain and to serve as models for therapeutic target validation and drug development.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,199
Score d'incertitude au seuil0,611

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,024
Tête enseignante GPT0,289
Écart entre enseignants0,264 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations11
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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