Genome Characterization and Phylogenetic Analysis of the First Bovine Rhinitis B Virus Isolate in China
Notice bibliographique
Résumé
, family Picornaviridae. Studies suggested that BRBV was considered a potential etiological agent of bovine respiratory disease complex (BRDC). BRBV has been reported in the United States, Sweden, Canada, Japan, and Mexico. However, little information of BRBV was available in China. In this study, we performed viral metagenomic analysis in a calf with respiratory disease. The results showed high abundance (3.85) of BRBV nucleotide and 248 mapped reads in calf samples. Online BLASTn analysis showed that three contigs of those had the highest nucleotide similarity (95%) with one Swedish BRBV isolate (BRBV_SWE1, GenBank accession no. KY432299). To identify the genome characterization of the Chinese BRBV isolate (designated CHN1), six couples of overlapping RT-PCR primers were designed according to genome sequences of BRBV_SWE1. Through gene cloning and splicing, we obtained the genome information of CHN1, possessing 7,465 nucleotides (46.6% G+C). Although CHN1 had the highest nucleotide similarity (95.1%) with BRBV_SWE1, one 11-nucleotide (ACATTTGTTGT) deletion occurred in the 5' untranslated region compared to SWE1. Phylogenetic analysis showed that CHN1 clustered together with BRBV_SWE1, and far from other BRBV isolates. This study recorded the first discovery of BRBV infection in China. Further investigation should be made in order to evaluate the infection status and epidemiological significance of BRBV in China.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».