Detection of candidate gene networks involved in resistance to Sclerotinia sclerotiorum in soybean
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Quantitative trait locus (QTL) mapping often yields associations with dissimilar loci/genes as a consequence of diverse factors. One trait for which very limited agreement between mapping studies has been observed is resistance to white mold in soybean. To explore whether different approaches applied to a single data set could lead to more consistent results, haplotype-trait association and epistasis interaction effects were explored as a complement to a more conventional marker-trait analysis. At least 10 genomic regions were significantly associated with Sclerotinia sclerotiorum resistance in soybean, which have not been previously reported. At a significance level of α = 0.05, haplotype-trait association showed that the most prominent signal originated from a haplotype with 4-SNP (single nucleotide polymorphism) on chromosome 17, and single SNP-trait analysis located a nucleotide polymorphism at position rs34387780 on chromosome 3. All of the peak-SNPs (p-value < 0.05) of each chromosome also appeared in their respective haplotypes. Samples with extreme phenotypes were singled-out for association studies, 25-30% from each end of the phenotypic spectrum appeared in the present investigation to be the most appropriate sample size. Some key genes were identified by epistasis interaction analysis. By combining information on the nearest positional genes indicated that most loci have not been previously reported. Gene ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) enrichment analyses suggest potential candidate genes underlying callose deposition in the cell wall and mitogen-activated protein kinase (MAPK) signaling pathway-plant, as well as plant-pathogen interaction pathway, were activated. Integration of multi-method genome-wide association study (GWAS) revealed novel genomic regions and promising candidate genes in novel regions, which include Glyma.01g048500, Glyma.03g129100, Glyma.17g072200, and the Dishevelled (Dvl) family of proteins on chromosomes 1, 3, 17, and 20, respectively.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle