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Enregistrement W3201740150 · doi:10.1038/s41598-021-98973-y

New chemical biopsy tool for spatially resolved profiling of human brain tissue in vivo

2021· article· en· W3201740150 sur OpenAlexaff
Joanna Bogusiewicz, Katarzyna Burlikowska, Kamil Łuczykowski, Karol Jaroch, Marcin Birski, Jacek Furtak, Marek Harat, Janusz Pawliszyn, Barbara Bojko

Notice bibliographique

RevueScientific Reports · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMetabolomics and Mass Spectrometry Studies
Établissements canadiensUniversity of Waterloo
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésWhite matterBiopsyIn vivoSolid-phase microextractionHuman brainSampling (signal processing)Profiling (computer programming)MetabolomicsPathologyComputer scienceBrain tissueGrey matterComputational biologyBrain biopsyMedicineBioinformaticsBiomedical engineeringNeuroscienceBiologyChemistryRadiologyChromatographyMagnetic resonance imagingGas chromatography–mass spectrometryMass spectrometryBiotechnology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

It is extremely challenging to perform chemical analyses of the brain, particularly in humans, due to the restricted access to this organ. Imaging techniques are the primary approach used in clinical practice, but they only provide limited information about brain chemistry. Solid-phase microextraction (SPME) has been presented recently as a chemical biopsy tool for the study of animal brains. The current work demonstrates for the first time the use of SPME for the spatially resolved sampling of the human brain in vivo. Specially designed multi-probe sampling device was used to simultaneously extract metabolites from the white and grey matter of patients undergoing brain tumor biopsies. Samples were collected by inserting the probes along the planned trajectory of the biopsy needle prior to the procedure, which was followed by metabolomic and lipidomic analyses. The results revealed that studied brain structures were predominantly composed of lipids, while the concentration and diversity of detected metabolites was higher in white than in grey matter. Although the small number of participants in this research precluded conclusions of a biological nature, the results highlight the advantages of the proposed SPME approach, as well as disadvantages that should be addressed in future studies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,289
Écart entre enseignants0,275 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations38
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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