Phylogeography of the smooth greensnake, <i>Opheodrys vernalis</i> (Squamata: Colubridae): divergent lineages and variable demographics in a widely distributed yet enigmatic species
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Phylogeographic studies can uncover robust details about the population structure, demographics, and diversity of species. The smooth greensnake, Opheodrys vernalis, is a small, cryptic snake occupying mesic grassland and sparsely wooded habitats. Although O. vernalis has a wide geographical range, many metapopulations are patchy and some are declining. We used mitochondrial DNA and double digest restriction-site associated DNA sequencing to construct the first phylogeographic assessment of O. vernalis. Genomic analysis of 119 individuals (mitochondrial DNA) and a subset of another 45 smooth greensnakes (nuclear DNA; N = 3031 single nucleotide polymorphisms) strongly supports two longitudinally separated lineages, with admixture in the Great Lakes region. Post-Pleistocene secondary contact best explains admixture from populations advancing northwards. Overall, populations expressed low heterozygosity, variable inbreeding rates, and moderate to high differentiation. Disjunct populations in the Rocky Mountains and central Great Plains regions might be contracting relicts, whereas northerly populations in more continuous mesic habitats (e.g., Prairie Pothole region, southern Canada) had signals of population expansion. Broadly, conservation management efforts should be focused on local populations, because habitat connectivity may facilitate gene flow and genetic diversity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».