The Case for Standardising Gene Nomenclature Across Vertebrates
Notice bibliographique
Résumé
Standardized gene nomenclature supports unambiguous communication and identification of the scientific literature associated with genes. To support the increasing number of annotated genomes that are now available for comparative studies, gene nomenclature authorities coordinate the assignment of approved gene names that can be readily propagated across species without losing their sense of meaning. Theofanopoulou et al (Theofanopoulou et al. 2021) propose nomenclature changes to the genes encoding oxytocin and arginine vasopressin and their receptors which would hinder comparative studies and literature identification. Instead, we propose minor updates to the current approved nomenclature of these vertebrate genes to better reflect their evolutionary history, without confusing the literature that already exists around these well-studied genes. We encourage authors to work with nomenclature committees to ensure any novel gene names fit current guidelines so that their publications can be readily indexed and made accessible. Moreover, we call on journal editors and reviewers to help support communication and indexing of gene-related publications by ensuring that standardized gene nomenclature is routinely used.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,253 | 0,316 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,010 | 0,013 |
| Études des sciences et des technologies | 0,007 | 0,032 |
| Communication savante | 0,022 | 0,041 |
| Science ouverte | 0,007 | 0,011 |
| Intégrité de la recherche | 0,011 | 0,028 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,006 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».