Mitochondrial Genomes, Phylogenetic Associations, and SNP Recovery for the Key Invasive Ponto-Caspian Amphipods in Europe
Notice bibliographique
Résumé
The Ponto-Caspian region is the main donor of invasive amphipods to freshwater ecosystems, with at least 13 species successfully established in European inland waters. Dikerogammarus spp. and Pontogammarus robustoides are among the most successful, due to their strong invasive impact on local biota. However, genomic knowledge about these invaders is scarce, while phylogeography and population genetics have been based on short fragments of mitochondrial markers or nuclear microsatellites. In this study, we provide: (i) a reconstruction of six mitogenomes for four invasive gammarids (D. villosus, D. haemobaphes, D. bispinosus, and P. robustoides); (ii) a comparison between the structure of the newly obtained mitogenomes and those from the literature; (iii) SNP calling rates for individual D. villosus and D. haemobaphes from different invasion sites across Europe; and (iv) the first time-calibrated full mitogenome phylogeny reconstruction of several Ponto-Caspian taxa. We found that, in comparison to other gammarids, the mitogenomes of Ponto-Caspian species show a translocation between the tRNA-E and tRNA-R positions. Phylogenetic reconstruction using the mitogenomes identified that Ponto-Caspian gammarids form a well-supported group that originated in the Miocene. Our study supports paraphyly in the family Gammaridae. These provided mitogenomes will serve as vital genetic resources for the development of new markers for PCR-based identification methods and demographic studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».