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Enregistrement W3202627338 · doi:10.1126/science.abi5658

Ten millennia of hepatitis B virus evolution

2021· article· en· W3202627338 sur OpenAlexaff
Arthur Kocher, Luka Papac, Rodrigo Barquera, Felix M. Key, Maria A. Spyrou, Ron Hübler, Adam B. Rohrlach, Franziska Aron, Raphaela Stahl, Antje Wissgott, Florian van Bömmel, Maria Pfefferkorn, Alissa Mittnik, Vanessa Villalba‐Mouco, Gunnar U. Neumann, Maïté Rivollat, Marieke S. van de Loosdrecht, Kerttu Majander, Rezeda I. Tukhbatova, Lyazzat Musralina, Ayshin Ghalichi, Sandra Penske, Susanna Sabin, Megan Michel, Joscha Gretzinger, Elizabeth A. Nelson, Tiago Ferraz, Kathrin Nägele, Cody Parker, Marcel Keller, Evelyn K. Guevara, Michal Feldman, Stefanie Eisenmann, Eirini Skourtanioti, Karen Giffin, Guido Alberto Gnecchi‐Ruscone, Susanne Friederich, Vittoria Schimmenti, Valery Khartanovich, Marina K. Karapetian, Mikhail S. Chaplygin, Vladimir V. Kufterin, Aleksandr Khokhlov, Andrey A. Chizhevsky, Dmitry A. Stashenkov, Anna F. Kochkina, Cristina Tejedor Rodríguez, Íñigo García-Martínez de Lagrán, Héctor Arcusa-Magallón, Rafael Garrido Peña, José I. Royo-Guillén, Jan Nováček, Stéphane Rottier, Sacha Kacki, Sylvie Saintot, Elena Kaverzneva, Andrej B. Belinskiy, Petr Velemínský, Petr Limburský, Michal Kostka, Louise Loe, Elizabeth Popescu, Rachel Clarke, Alice Lyons, Richard Mortimer, Antti Sajantila, Yadira Chinique de Armas, Silvia Teresita Hernández Godoy, Jessica Pearson, Didier Binder, Philippe Lefranc, Anatoly R. Kantorovich, Vladimir Е. Maslov, Luca Lai, Magdalena Żołędziewska, Jessica F. Beckett, Michaela Langová, Alžběta Danielisová, Tara Ingman, Gabriel García Atiénzar, María Paz de Miguel Ibáñez, Alejandro Romero, Alessandra Sperduti, Sophie Beckett, Susannah J. Salter, Emma D. Zilivinskaya, Dmitry V. Vasil’ev, Kristin von Heyking, Richard L. Burger, Lucy C. Salazar, Luc Amkreutz, Masnav Navruzbekov, Eva Rosenstock, Carmen Alonso Fernández, Vladimir Slavchev, Alexey Kalmykov, Biaslan Ch. Atabiev, Elena Batieva, Micaela Álvarez Calmet, Bastien Llamas, Michael Schultz, Raiko Krauß, Javier Jiménez Echevarría, Michael Francken, Светлана Шнайдер, Peter de Knijff, Eveline Altena, Katrien Van de Vijver, Lars Fehren‐Schmitz, Tiffiny A. Tung, Sandra Lösch, Maria V. Dobrovolskaya, Nikolaj Makarov, Chris Read, Melanie Van Twest, Claudia Sagona, Peter C. Ramsl, Murat Akar, K. Aslıhan Yener, Eduardo Carmona Ballestero, Francesco Cucca, Vittorio Mazzarello, Pilar Utrilla, Kurt Rademaker, Eva Fernández‐Domínguez, Douglas Baird, Patrick Semal, Lourdes Márquez Morfín, Mirjana Roksandić, Hubert Steiner, Domingo C. Salazar‐García, Natalia Shishlina, Yılmaz Selim Erdal, Fredrik Hallgren, Yavor Boyadzhiev, Kamen Boyadzhiev, Mario Küßner, Duncan Sayer, Päivi Onkamo, Robin Skeates, Manuel Ángel Rojo Guerra, Alexandra Buzhilova, Elmira Khussainova, Leyla Djansugurova, A. Beisenov, Зайнолла Самашев, Ken Massy, Marcello A. Mannino, Vyacheslav Moiseyev, Kristiina Mannermaa, Oleg Balanovsky, Marie‐France Deguilloux, Sabine Reinhold, Svend Hansen, Еgor Kitov, Miroslav Dobeš, Michal Ernée, Harald Meller, Kurt W. Alt, Kay Prüfer, Christina Warinner, Stephan Schiffels, Philipp W. Stockhammer, Kirsten I. Bos, Cosimo Posth, Alexander Herbig, Wolfgang Haak, Johannes Krause, Denise Kühnert

Notice bibliographique

RevueScience · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueHepatitis B Virus Studies
Établissements canadiensUniversity of Winnipeg
Organismes subventionnairesMax-Planck-GesellschaftDeutsche ForschungsgemeinschaftEuropean CommissionSlovenská Akadémia ViedAkademie Věd České RepublikyRussian Foundation for Basic ResearchAgence Nationale de la RechercheMinistry of Education and Science of the Republic of KazakhstanCooley's Anemia Foundation
Mots-clésVirologyHepatitis B virusVirusBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Hepatitis B virus (HBV) has been infecting humans for millennia and remains a global health problem, but its past diversity and dispersal routes are largely unknown. We generated HBV genomic data from 137 Eurasians and Native Americans dated between ~10,500 and ~400 years ago. We date the most recent common ancestor of all HBV lineages to between ~20,000 and 12,000 years ago, with the virus present in European and South American hunter-gatherers during the early Holocene. After the European Neolithic transition, Mesolithic HBV strains were replaced by a lineage likely disseminated by early farmers that prevailed throughout western Eurasia for ~4000 years, declining around the end of the 2nd millennium BCE. The only remnant of this prehistoric HBV diversity is the rare genotype G, which appears to have reemerged during the HIV pandemic.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,230
Score d'incertitude au seuil0,309

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,288
Écart entre enseignants0,270 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations127
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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