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Enregistrement W3202715193 · doi:10.1038/s42003-021-02682-1

The genome of Shorea leprosula (Dipterocarpaceae) highlights the ecological relevance of drought in aseasonal tropical rainforests

2021· article· en· W3202715193 sur OpenAlexfundno aff
Kevin Kit Siong Ng, Masaki J. Kobayashi, Jeffrey A. Fawcett, Masaomi Hatakeyama, Timothy Paape, Chin Hong Ng, Choon Cheng Ang, Lee Hong Tnah, Chai Ting Lee, Tomoaki Nishiyama, Jun Sese, Michael J. O’Brien, Dario Copetti, Mohd Noor Mat Isa, Robert C. Ong, Mahardika Putra, Iskandar Zulkarnaen Siregar, Sapto Indrioko, Yoshiko Kosugi, Ayako Izuno, Yuji Isagi, Soon Leong Lee, Kentaro K. Shimizu

Notice bibliographique

RevueCommunications Biology · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Phylogenetic Studies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesBiological and Environmental ResearchJapan International Research Center for Agricultural SciencesJapan Society for the Promotion of ScienceSystemsX.chInstitut Pertanian BogorUniversität ZürichMinistério da Ciência, Tecnologia e InovaçãoResearch Organization of Information and SystemsU.S. Department of EnergyInstitute of GeneticsSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungOffice of ScienceKementerian Sains, Teknologi dan InovasiCore Research for Evolutional Science and TechnologyMinistry of Education, Culture, Sports, Science and TechnologyNational Institute of Advanced Industrial Science and Technology
Mots-clésDipterocarpaceaeRainforestBiologyEcologyThreatened speciesHabitat

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Hyperdiverse tropical rainforests, such as the aseasonal forests in Southeast Asia, are supported by high annual rainfall. Its canopy is dominated by the species-rich tree family of Dipterocarpaceae (Asian dipterocarps), which has both ecological (e.g., supports flora and fauna) and economical (e.g., timber production) importance. Recent ecological studies suggested that rare irregular drought events may be an environmental stress and signal for the tropical trees. We assembled the genome of a widespread but near threatened dipterocarp, Shorea leprosula, and analyzed the transcriptome sequences of ten dipterocarp species representing seven genera. Comparative genomic and molecular dating analyses suggested a whole-genome duplication close to the Cretaceous-Paleogene extinction event followed by the diversification of major dipterocarp lineages (i.e. Dipterocarpoideae). Interestingly, the retained duplicated genes were enriched for genes upregulated by no-irrigation treatment. These findings provide molecular support for the relevance of drought for tropical trees despite the lack of an annual dry season.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,742
Score d'incertitude au seuil0,321

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,277
Écart entre enseignants0,256 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations36
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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