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Enregistrement W3202919067 · doi:10.1093/genetics/iyab131

The SAGA and NuA4 component Tra1 regulates <i>Candida albicans</i> drug resistance and pathogenesis

2021· article· en· W3202919067 sur OpenAlexafffund
Iqra Razzaq, Matthew D. Berg, Yuwei Jiang, Julie Genereaux, Deeva Uthayakumar, Grace H. Kim, Michelle Agyare-Tabbi, Viola Halder, Christopher J. Brandl, Patrick Lajoie, Rebecca S. Shapiro

Notice bibliographique

RevueGenetics · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAntifungal resistance and susceptibility
Établissements canadiensWestern UniversityUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésBiologyCandida albicansCaspofunginTranscriptomeAntifungal drugCorpus albicansEchinocandinsGeneticsFungal proteinSaccharomyces cerevisiaeMicrobiologyGeneGene expressionAmphotericin B

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Candida albicans is the most common cause of death from fungal infections. The emergence of resistant strains reducing the efficacy of first-line therapy with echinocandins, such as caspofungin calls for the identification of alternative therapeutic strategies. Tra1 is an essential component of the SAGA and NuA4 transcriptional co-activator complexes. As a PIKK family member, Tra1 is characterized by a C-terminal phosphoinositide 3-kinase domain. In Saccharomyces cerevisiae, the assembly and function of SAGA and NuA4 are compromised by a Tra1 variant (Tra1Q3) with three arginine residues in the putative ATP-binding cleft changed to glutamine. Whole transcriptome analysis of the S. cerevisiae tra1Q3 strain highlights Tra1's role in global transcription, stress response, and cell wall integrity. As a result, tra1Q3 increases susceptibility to multiple stressors, including caspofungin. Moreover, the same tra1Q3 allele in the pathogenic yeast C. albicans causes similar phenotypes, suggesting that Tra1 broadly mediates the antifungal response across yeast species. Transcriptional profiling in C. albicans identified 68 genes that were differentially expressed when the tra1Q3 strain was treated with caspofungin, as compared to gene expression changes induced by either tra1Q3 or caspofungin alone. Included in this set were genes involved in cell wall maintenance, adhesion, and filamentous growth. Indeed, the tra1Q3 allele reduces filamentation and other pathogenesis traits in C. albicans. Thus, Tra1 emerges as a promising therapeutic target for fungal infections.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,371
Score d'incertitude au seuil0,397

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,234
Écart entre enseignants0,224 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations12
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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