Molecular Identification of Prune Dwarf Virus (PDV) Infecting Sweet Cherry in Canada and Development of a PDV Full-Length Infectious cDNA Clone
Notice bibliographique
Résumé
Prune dwarf virus (PDV) is a member of ilarviruses that infects stone fruit species such as cherry, plum and peach, and ornamentally grown trees worldwide. The virus lacks an RNA silencing suppressor. Infection by PDV either alone, or its mixed infection with other viruses causes deteriorated fruit marketability and reduced fruit yields. Here, we report the molecular identification of PDV from sweet cherry in the prominent fruit growing region of Ontario, Canada known as the Niagara fruit belt using next generation sequencing of small interfering RNAs (siRNAs). We assessed its incidence in an experimental farm and determined the full genome sequence of this PDV isolate. We further constructed an infectious cDNA clone. Inoculation of the natural host cherry with this clone induced a dwarfing phenotype. We also examined its infectivity on several common experimental hosts. We found that it was infectious on cucurbits (cucumber and squash) with clear symptoms and Nicotiana benthamiana without causing noticeable symptoms, and it was unable to infect Arabidopsis thaliana. As generating infectious clones for woody plants is very challenging with limited success, the PDV infectious clone developed from this study will be a useful tool to facilitate molecular studies on PDV and related Prunus-infecting viruses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».