Abstract 38: Variations in ORAI1 gene associated with Kawasaki disease
Notice bibliographique
Résumé
Kawasaki disease (KD; MIM611775) is a systemic vasculitis syndrome with unknown etiology which predominantly affects infants and children. Recent findings of susceptibility genes for KD have suggested up-regulation of Ca2+/NFAT pathway as one of the main pathophysiological processes in KD. In this study, we focused on ORAI1, a gene for a channel involved in store operated Ca2+ entry located on 12q24 where positive linkage signal was seen in our previous sib pair study of KD, and conducted a genetic association study. By re-sequencing 17.4kb of ORAI1 region for 94 subjects, we identified 37 variants with minor allele frequencies larger than 0.05. After selecting 9 tagging SNPs which represent 37 variants we performed an association study using 730 KD cases and 1315 controls. As a result, one tagging SNP located within exon2 showed nominal association (rs3741596; OR = 1.19, 95%CI 1.02~1.40, P = 0.028). The same trend of association was observed in an independent case control panel (1813 KD cases and 1097 controls, OR=1.22, 95% CI 1.06-1.40, P = 0.0056) and a significant P value was observed in a meta-analysis (OR = 1.21, 95%CI 1.09~1.34, P = 0.00041). Furthermore, we also found a rare 6 base-pair insertion polymorphism which cause elongation of proline repeat within N-terminal cytoplasmic domain of the ORAI1 protein was overrepresented in KD cases (rs78448924; OR = 3.91, 95%CI 1.30~11.80, P=0.010). These data indicate altered ORAI1 function confers susceptibility of KD and further highlight importance of the Ca2+/NFAT pathway in the disease pathogenesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,008 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».