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Enregistrement W3203617810 · doi:10.1073/pnas.2105822118

Single-cell profiling reveals the importance of CXCL13/CXCR5 axis biology in lymphocyte-rich classic Hodgkin lymphoma

2021· article· en· W3203617810 sur OpenAlexafffund
Tomohiro Aoki, Lauren C. Chong, Katsuyoshi Takata, Katy Milne, Ashley Marshall, Elizabeth A. Chavez, Tomoko Miyata‐Takata, Susana Ben‐Neriah, Doria Unrau, Adèle Telenius, Merrill Boyle, Andrew P. Weng, Kerry J. Savage, David W. Scott, Pedro Farinha, Sohrab P. Shah, Brad H. Nelson, Christian Steidl

Notice bibliographique

RevueProceedings of the National Academy of Sciences · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueLymphoma Diagnosis and Treatment
Établissements canadiensTerry Fox Research InstituteUniversity of VictoriaSpinal Cord Injury BCUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesTerry Fox Research InstituteCanadian Cancer Society Research InstituteCanadian Institutes of Health ResearchGenome British ColumbiaNational Cancer InstituteGovernment of CanadaPaul G. Allen Family Foundation
Mots-clésCXCL13CXCR5LymphomaHodgkin lymphomaLymphocyteImmunologyCancer researchBiologyB cellAntibodyChemokineGerminal centerChemokine receptorImmune system

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Significance Our study provides detailed functional and spatial characteristics of immune cells in the LR-CHL microenvironment at single-cell resolution. We describe detailed T cell subset definitions and importantly identified a unique CD4 + PD-1 + CXCL13 + CXCR5 − TFH-like subset that surrounds HRS cells, appears in close proximity to CXCR5 + B cells, and is associated with poor clinical outcome. We also uncovered unique PD-1/PD-L1 axis biology in LR-CHL, namely a negative correlation between PD-L1 genetic alterations on HRS cells and PD-1 protein expression in the tumor microenvironment. Importantly, our findings contribute to a deeper understanding of cellular cross-talk in LR-CHL, which may aid in the development of novel biomarkers and targeted treatment strategies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,053
Tête enseignante GPT0,315
Écart entre enseignants0,262 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations57
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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