Fission yeast RNA‐binding proteins Puf2 and Puf4 are involved in repression of ferrireductase Frp1 expression in response to iron
Notice bibliographique
Résumé
Abstract This study identifies a post‐transcriptional mechanism of iron uptake regulation by Puf2 and Puf4 of the Pumilio and FBF (Puf) family of RNA‐binding proteins in Schizosaccharomyces pombe. Cells expressing Puf2 and Puf4 stimulate decay of the frp1+ mRNA encoding a key enzyme of the reductive iron uptake pathway. Results consistently showed that frp1+ mRNA is stabilized in puf2Δ puf4Δ mutant cells under iron‐replete conditions. As a result, puf2Δ puf4Δ cells exhibit an increased sensitivity to iron accompanied by enhanced ferrireductase activity. A pool of GFP‐frp1+ 3′UTR RNAs was generated using a reporter gene containing the 3′ untranslated region (UTR) of frp1+ that was under the control of a regulatable promoter. Results showed that Puf2 and Puf4 accelerate the destabilization of mRNAs containing the frp1+ 3′UTR which harbors two Pumilio response elements (PREs). Binding studies revealed that the PUM‐homology RNA‐binding domain of Puf2 and Puf4 expressed in Escherichia coli specifically interacts with PREs in the frp1+ 3′UTR. Using RNA immunoprecipitation in combination with reverse transcription qPCR assays, results showed that Puf2 and Puf4 interact preferentially with frp1+ mRNA under basal and iron‐replete conditions, thereby contributing to inhibit Frp1 production and protecting cells against toxic levels of iron.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».