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Enregistrement W3204471759 · doi:10.1016/j.mcpro.2021.100155

Uncovering the Depths of the Human Proteome: Antibody-based Technologies for Ultrasensitive Multiplexed Protein Detection and Quantification

2021· review· en· W3204471759 sur OpenAlexaff
Annie Ren, Eleftherios P. Diamandis, Vathany Kulasingam

Notice bibliographique

RevueMolecular & Cellular Proteomics · 2021
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAdvanced Biosensing Techniques and Applications
Établissements canadiensUniversity Health NetworkLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteUniversity of TorontoMount Sinai Hospital
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMultiplexProteomicsProteomeComputational biologyQuantitative proteomicsHuman proteome projectComputer scienceBiomarker discoveryComplement (music)BiomarkerNanotechnologyData scienceChemistryBioinformaticsBiologyMaterials scienceBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Probing the human proteome in tissues and biofluids such as plasma is attractive for biomarker and drug target discovery. Recent breakthroughs in multiplex, antibody-based, proteomics technologies now enable the simultaneous quantification of thousands of proteins at as low as sub fg/ml concentrations with remarkable dynamic ranges of up to 10-log. We herein provide a comprehensive guide to the methodologies, performance, technical comparisons, advantages, and disadvantages of established and emerging technologies for the multiplexed ultrasensitive measurement of proteins. Gaining holistic knowledge on these innovations is crucial for choosing the right multiplexed proteomics tool for applications at hand to critically complement traditional proteomics methods. This can bring researchers closer than ever before to elucidating the intricate inner workings and cross talk that spans multitude of proteins in disease mechanisms.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0040,003
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0020,002
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,004

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,310
Écart entre enseignants0,291 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations80
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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