16 Identification of Structural Variants Associated with Mastitis in Holstein Dairy Cows Using Whole Genome Sequencing and RNA-sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Abstract For the dairy industry, animal welfare and economic viability are key factors in determining the long-term sustainability of the industry. One challenge in lactating dairy cows is mastitis, as there are significant costs associated with each mastitis case due to treatment, milk loss, and potential cow culling. Differentially expressed (DE) genes, DE mRNA isoforms and DE long non-coding RNA (lncRNA) candidates were previously identified by our group between healthy and mastitic samples from six Holstein dairy cows. In total, 7 candidate genes, 5 mRNA isoforms and 4 lncRNA were targeted as they play an important role due to their association with mastitis or the immune system. The aim of the current research is to identify new structural variants in the transcriptome of these previously identified potential candidates using RNA-Sequencing. These structural variants could occur in both coding and intergenic regions of the genome and potentially impact the amino acid that is transcribed, creating a new functional or non-functional protein. In addition, whole genome sequencing (WGS) analysis was performed using hair samples collected from ten Holstein dairy cows (first lactation). Five of these animals had no previous reports of mastitis and five animals had at least one report of mastitis in her lifespan. The WGS results will be used to identify additional structural variants, especially within introns, of the previously identified candidates that could cause a genetic variation in individuals and an association to their susceptibility to mastitis disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».