Tracking <i>Salmonella</i> Enteritidis in the Genomics Era: Clade Definition Using a SNP-PCR Assay and Implications for Population Structure
Notice bibliographique
Résumé
Salmonella enterica serovar Enteritidis (or Salmonella Enteritidis, SE) is one of the oldest members of the genus Salmonella, based on the date of first description and has only gained prominence as a significant bacterial contaminant of food over the last three or four decades. Currently, SE is the most common Salmonella serovar causing foodborne illnesses. Control measures to alleviate human infections require that food isolates be characterized and this was until recently carried out using Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) and phage typing as the main laboratory subtyping tools for use in demonstrating relatedness of isolates recovered from infected humans and the food source. The results provided by these analytical tools were presented with easy-to-understand and comprehensible nomenclature, however, the techniques were inherently poorly discriminatory, which is attributable to the clonality of SE. The tools have now given way to whole genome sequencing which provides a full and comprehensive genetic attributes of an organism and a very attractive and superior tool for defining an isolate and for inferring genetic relatedness among isolates. A comparative phylogenomic analysis of isolates of choice provides both a visual appreciation of relatedness as well as quantifiable estimates of genetic distance. Despite the considerable information provided by whole genome analysis and development of a phylogenetic tree, the approach does not lend itself to generating a useful nomenclature-based description of SE subtypes. To this end, a highly discriminatory, cost-effective, high throughput, validated single nucleotide based genotypic polymerase chain reaction assay (SNP-PCR) was developed focussing on 60 polymorphic loci. The procedure was used to identify 25 circulating clades of SE, the largest number so far described for this organism. The new subtyping test, which exploited whole genome sequencing data, displays the attributes of an ideal subtyping test: high discrimination, low cost, rapid, highly reproducible and epidemiological concordance. The procedure is useful for identifying the subtype designation of an isolate, for defining the population structure of the organism as well as for surveillance and outbreak detection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».