Highly similar sequence and structure yet different biophysical behaviour: A computational study of two triosephosphate isomerases
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Homodimeric triosephosphate isomerases (TIM) from Trypanosoma cruzi (TcTIM) and Trypanosoma brucei (TbTIM) have a markedly similar amino acid sequences and three-dimensional structures. However, several of their biophysical parameters, such as their susceptibility to sulfhydryl agents and their reactivation speed after being denatured, have significant differences. The causes of these differences were explored with microsecond-scale molecular dynamics (MD) simulations of three different TIM proteins: TcTIM, TbTIM and a chimeric protein, Mut1. We examined their electrostatic interactions and explored the impact of simulation length on them. The same salt bridge between catalytic residues Lys 14 and Glu 98 was observed in all three proteins but key differences were found in other interactions that the catalytic amino acids form. In particular, a cation-π interaction between catalytic amino acids Lys 14 and His 96, and both a salt bridge and a hydrogen bond between catalytic Glu168 and residue Arg100, were only observed in TcTIM. Furthermore, although TcTIM forms less hydrogen bonds than TbTIM and Mut1, its hydrogen bond network spans almost the entire protein, connecting the residues in both monomers. This work provides new insight on the mechanisms that give rise to the different behaviour of these proteins. The results also show the importance of long simulations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».