Branch prioritization motifs in biochemical networks with sharp activation
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
<abstract><p>The Precursor Shutoff Valve (PSV) has been proposed as a motif in biochemical networks, active for example in prioritization of primary over secondary metabolism in plants in low-input conditions. Another branch prioritization mechanism in a biochemical network is a difference in thresholds for activation of the two pathways from the branch point. It has been shown by Adams and colleagues that both mechanisms can play a part in a model of plant metabolism involving Michaelis-Menten kinetics <sup>[<xref ref-type="bibr" rid="b1">1</xref>]</sup>. Here we investigate the potential role of these two mechanisms in systems with steeper activation functions, such as those involving highly cooperative reactions, by considering the limit of infinitely steep activation functions, as is done in Glass networks as models of gene regulation. We find that the Threshold Separation mechanism is completely effective in pathway prioritization in such a model framework, while the PSV adds no additional benefit, and is ineffective on its own. This makes clear that the PSV uses the gradual nature of activation functions to help shut off one branch at low input levels, and has no effect if activation is sharp. The analysis also serves as a case study in assessing behaviour of sharply-switching open systems without degradation of species.</p></abstract>
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle