Immune ontogeny and lymphocyte responses to primary herpesvirus infections in Ugandan infants
Notice bibliographique
Résumé
Herpesviruses cytomegalovirus (CMV) and Epstein-Barr virus (EBV) cause an enormous burden of disease worldwide. Congenital CMV (cCMV) is the most common congenital infection in the world and can cause deafness and intellectual disability. EBV is the causal agent of Burkitt’s lymphoma (most common pediatric cancer in Africa), infectious mononucleosis, and associated with several autoimmune diseases. Age-related differences in symptoms and diseases caused by all herpesviruses likely reflect immune variation early in life, however lymphocyte responses to EBV and CMV are not well documented in young children. Gamma delta (γδ) T cells develop early in gestation and may be important for controlling CMV infection before alpha beta T cell immunity develops. Indeed, a “public” (shared among many individuals) γδ T cell receptor (TCR) clone has been associated with cCMV and may represent an important early response to the virus. In this study we aimed to describe general immune ontogeny and lymphocyte responses to herpesvirus infections in infancy and comprehensively characterize γδ T cell responses to CMV infection in infants. Following a birth cohort of 32 Ugandan infants and their mothers during their first year of life, we captured 20 CMV and 10 EBV primary infections. Using standard flow cytometry, we characterized a wide range of innate and adaptive lymphocytes and further characterized the γδ T cells from a subset of the cohort with a 21-color spectral flow cytometry panel and extracted RNA for TCR sequencing. In the first year of life, there were significant ontological changes within all lymphocyte subsets tested (natural killer (NK) cells, B cells, T cells). NK and T cell compartments experienced the most dramatic changes with CMV infection. Age and CMV infection were correlated with γδ T cells and EBV was not. Unsupervised clustering analyses revealed CMV-specific adaptive-like γδ T cell subsets with effector phenotypes in infants and adults. Our findings provide evidence of the cell types involved in primary herpesvirus infections during infancy and support the notion that γδ T cells are participating in the immune response to CMV infection in early life, providing insight for novel new vaccine designs to more effectively prevent CMV-related disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».