156 Genome-wide DNA Methylation Profile of Mammary Gland Tissues from Holstein Cattle Producing Various Milk Protein Yields
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Milk protein content is attracting considerable attention due to increasing demand for high-quality products. Epigenetic marks including DNA methylation have demonstrated considerable potential to contribute to the achievement of increased gain in bovine milk traits. To investigate potential roles of DNA methylation in regulating milk protein productivity, whole genome bisulfite sequencing was used to profile the global DNA methylation of mammary gland (MG) tissues from Canadian Holstein cows producing milk with high protein (HMP) (>4.0%, n = 5) or low protein (LMP) (< 3.0%, n = 7) contents. Bioinformatics processing using standard tools and construction of the methylation landscape of MG was based on methylation sites with ≥10× coverage. A total of 2420 differentially methylated CpG (DMC) sites, including 1842 with higher and 578 with lower methylation levels (FDR< 0.1) were identified when HMP group was compared with LMP group. DMCs were most abundant on chromosomes 2 (n=347) and 27 (N=535), respectively. The most DMCs were annotated to mRNAs, followed by lncRNAs, pseudogenes and rRNAs. Eight genes harbored five or more DMCs each, including LOC112443250 (5S ribosomal RNA) and LOC112443149 (liprin-alpha-1-like, LIP1) (harbored 20 hypermethylated and 1 hypomethylated sites, each), followed by miR-2287-1 (12 hypomethylated sites), etc. LIP1, a liprin family member interacts with LAR family members to play important roles in MG development. MiR-2287-1 and other family members are frequently identified in MG tissues and milk and are associated with many livestock diseases. Interestingly, among the DMCs that overlap with QTLs related to milk production were clusters on chromosomes 27 (N=534) and 14 (N=91) that associated with milk protein yield. In conclusion, DNA methylation showed potential involvement in the genetic variation underlying milk protein content and MG biological processes. More analysis with a higher sample size is however necessary to adequately quantify the involvement of DNA methylation in the regulation of milk protein content and mammary gland development.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».