236 Effects of Saccharomyces Cerevisiae Fermentation Products (SCFP) and Subacute Ruminal Acidosis (SARA) on Co-occurrence Patterns and Hub Taxa of Rumen Liquid Microbiota in Lactating Dairy Cows
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Thirty-two dairy cows receiving a basal diet containing 34.9% NDF, and 18.6 % starch, were randomly assigned to four treatments: supplementation either with 140 g/d of ground corn (Control), 126 g/d of ground corn and 14 g/d of XPC (SCFPa, Diamond V Original XPC Cedar Rapids, IA), 121 g/d of ground corn and 19 g/d of NutriTek (SCFPb-1x, NutriTek, Diamond V), or 102 g/d of ground corn and 38 g/d of NutriTek (SCFPb-2x) from 4 wk before until 12 wk after calving. SARA was induced during wk 5 and wk 8 after calving by replacing 20% of the basal diet with pellets containing 50% barley and 50% wheat. Ruminal fluid samples were collected at 6 h after feeding on the second day of wk 4 to wk 10 after calving. Weeks 4, 7 and 10 were considered to be non-SARA. Microbial DNA was extracted, llumina sequenced at the V1–V2 regions of the 16S rRNA gene, and operational taxonomic units (OUT) were assigned using QIIME2. Correlation network analysis (CoNet) determined connections between the relative abundances of OTU, including co-occurrences, and to identify hub OTUs with over 15 connections with other OTUs. The degree of connectedness of phyla was normalized as the total number of positive and negative correlations observed for each phylum divided by their relative abundance in the community. In the Control treatment, SARA reduced positive degree of connectedness (19.33 vs 11.95). In all SCFP treatments, SARA increased the positive degree of connectedness (SCFPb-2x: 25.73 vs 23.50, SCFPb-1x: 87.47 vs 116.32, SCFPa: 34.01 vs 51.56). The relative abundances of the hub taxa Bacteroidales RF16 group and Lachnospiraceae, Christensenellaceae R-7 group and Ricenellaceae RC9 gut group were stabilized by SCFPb-2x. Hence, SCFP attenuated the negative effect of SARA on the co-occurrence patterns in the rumen fluid microbiota.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».