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Enregistrement W3206003834 · doi:10.1101/2021.10.11.21264235

Trans-ancestry genome-wide association study of gestational diabetes mellitus highlights genetic links with type 2 diabetes

2021· preprint· en· W3206003834 sur OpenAlexaff
Natalia Pervjakova, Gunn-Helen Moen, Maria Carolina Borges, Teresa Ferreira, James P. Cook, Catherine Allard, Robin N. Beaumont, Mickaël Canouil, Gad Hatem, Anni Heiskala, Anni Joensuu, Ville Karhunen, Soo Heon Kwak, Frederick T. J. Lin, Jun Liu, Sheryl L. Rifas‐Shiman, Guðmar Þorleifsson, Toby Andrew, Juha Auvinen, Bishwajit Bhowmik, Amélie Bonnefond, Fabien Delahaye, Ayşe Demirkan, Philippe Froguel, Kadri Haller‐Kikkatalo, Hildur Harðardóttir, Sandra Hummel, Akhtar Hussain, Eero Kajantie, Elina Keikkala, Amna Khamis, Jari Lahti, Tove Lekva, Sanna Mustaniemi, Christine Sommer, Aili Tagoma, Evangelia Tzala, Raivo Uibo, Marja Vääräsmäki, Pia Villa, Kåre I. Birkeland, Luigi Bouchard, Cornelia M. van Duijn, Sarah Finer, Leif Groop, Esa Hämäläinen, Geoffrey Hayes, G. A. Hitman, Hak Chul Jang, Marjo‐Riitta Järvelin, Anne Karen Jenum, Hannele Laivuori, Olle Melander, Emily Oken, Kyong Soo Park, Patrice Perron, Rashmi B. Prasad, Elisabeth Qvigstad, Sylvain Sebért, Kāri Stefánsson, Valgerður Steinthórsdóttir, Marie‐France Hivert, Paul W. Franks, Mark I. McCarthy, Cecilia M. Lindgren, Rachel M. Freathy, Andrew P. Morris, Reedik Mägi

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueGestational Diabetes Research and Management
Établissements canadiensCentre Intégré Universitaire de Santé et de Services Sociaux du Saguenay–Lac-Saint-JeanUniversité de SherbrookeCentre for Global Health ResearchCentre Hospitalier Universitaire de Sherbrooke
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilVetenskapsrådetUniversity of Bristol
Mots-clésGestational diabetesGenome-wide association studyTCF7L2Type 2 diabetesGenetic associationGeneticsMedicineDiabetes mellitusPregnancyBioinformaticsBiologyEndocrinologySingle-nucleotide polymorphismGenotypeGestationGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Gestational diabetes mellitus (GDM) is associated with increased risk of pregnancy complications and adverse perinatal outcomes. GDM often reoccurs and is associated with increased risk of subsequent diagnosis of type 2 diabetes (T2D). To improve our understanding of the aetiological factors and molecular processes driving the occurrence of GDM, including the extent to which these overlap with T2D pathophysiology, the GENetics of Diabetes In Pregnancy (GenDIP) Consortium assembled genome-wide association studies (GWAS) of diverse ancestry in a total of 5,485 women with GDM and 347,856 without GDM. Through trans-ancestry meta-analysis, we identified five loci with genome-wide significant association ( p <5×10 −8 ) with GDM, mapping to/near MTNR1B ( p =4.3×10 −54 ), TCF7L2 ( p =4.0×10 −16 ), CDKAL1 ( p =1.6×10 −14 ), CDKN2A-CDKN2B ( p =4.1×10 −9 ) and HKDC1 ( p =2.9×10 −8 ). Multiple lines of evidence pointed to genetic contributions to the shared pathophysiology of GDM and T2D: (i) four of the five GDM loci (not HKDC1 ) have been previously reported at genome-wide significance for T2D; (ii) significant enrichment for associations with GDM at previously reported T2D loci; (iii) strong genetic correlation between GDM and T2D; and (iv) enrichment of GDM associations mapping to genomic annotations in diabetes-relevant tissues and transcription factor binding sites. Mendelian randomisation analyses demonstrated significant causal association (5% false discovery rate) of higher body mass index on increased GDM risk. Our results provide support for the hypothesis that GDM and T2D are part of the same underlying pathology but that, as exemplified by the HKDC1 locus, there are genetic determinants of GDM that are specific to glucose regulation in pregnancy.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,012
Score d'incertitude au seuil0,024

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,002
Bibliométrie0,0010,003
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,274
Écart entre enseignants0,252 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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