Genomic and phylogenetic analysis of a multidrug-resistant mcr-1-carrying Klebsiella pneumoniae recovered from a urinary tract infection in China
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: The emergence and dissemination of colistin-resistant Enterobacterales has become a major global public-health threat. Here we investigated the genomic and phylogenetic characteristics of a multidrug-resistant Klebsiella pneumoniae strain (KP4823) carrying the mcr-1 gene recovered from a urinary tract infection in China. METHODS: Antimicrobial susceptibility of K. pneumoniae KP4823 was determined by broth microdilution. Whole genomic DNA was extracted and sequenced using Oxford Nanopore MinION and Illumina NovaSeq 6000 platforms. Hybrid assembly with long and short reads was performed using Unicycler, and the genome was annotated using the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). The sequence type (ST), capsular type, and antimicrobial resistance and virulence genes were identified from the genome sequence. Core genome multilocus sequence typing (cgMLST) analysis was performed by BacWGSTdb 2.0 server. RESULTS: Klebsiella pneumoniae KP4823 was resistant to colistin, ceftazidime, cefepime, cefotaxime, fosfomycin and aztreonam. The complete genome sequence of KP4823 consists of five contigs comprising 5 445 519 bp, including one chromosome and four plasmids. The isolate was assigned to ST101 with capsular serotype KL106. Several antimicrobial resistance genes were identified, including the colistin resistance gene mcr-1, which was located on a 34 685-bp IncX4 plasmid. The closest relative of K. pneumoniae KP4823 was another ST101 isolate (08EU827) recovered from Sweden in 2008, which differed by 191 cgMLST loci. CONCLUSION: Our study reports the genome sequence of a multidrug-resistant mcr-1-carrying K. pneumoniae in China. These data may help to understand the antimicrobial resistance mechanisms, genomic features and transmission dynamics of colistin resistance in clinical settings.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».