High level of intrinsic phenotypic antimicrobial resistance in enterobacteria from terrestrial wildlife in Gabonese national parks
Notice bibliographique
Résumé
Data on the prevalence of antibiotic resistance in Enterobacteriaceae in African wildlife are still relatively limited. The aim of this study was to estimate the prevalence of phenotypic intrinsic and acquired antimicrobial resistance of enterobacteria from several species of terrestrial wild mammals in national parks of Gabon. Colony culture and isolation were done using MacConkey agar. Isolates were identified using the VITEK 2 and MALDI-TOF methods. Antibiotic susceptibility was analysed and interpreted according to the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing guidelines. The preliminary test for ESBL-producing Enterobacteriaceae was performed by replicating enterobacterial colonies on MacConkey agar supplemented with 2 mg/L cefotaxime (MCA+CTX). Extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) production was confirmed with the double-disc synergy test (DDST). The inhibition zone diameters were read with SirScan. Among the 130 bacterial colonies isolated from 125 fecal samples, 90 enterobacterial isolates were identified. Escherichia coli (61%) was the most prevalent, followed by Enterobacter cloacae (8%), Proteus mirabilis (8%), Klebsiella variicola (7%), Klebsiella aerogenes (7%), Klebsiella oxytoca (4%), Citrobacter freundii (3%), Klebsiella pneumoniae (1%) and Serratia marcescens (1%). Acquired resistance was carried by E. coli (11% of all E. coli isolates) and E. cloacae (3% of all E. cloacae) isolates, while intrinsic resistance was detected in all the other resistant isolates (n = 31); K. variicola, K. oxytoca, K. pneumoniae, E. cloacae, K. aerogenes, S. marcescens and P. mirabilis). Our data show that most strains isolated in protected areas in Gabon are wild type isolates and carry intrinsic resistance rather than acquired resistance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».