Engineering Pyrrolysyl-tRNA Synthetase for the Incorporation of Non-Canonical Amino Acids with Smaller Side Chains
Notice bibliographique
Résumé
Site-specific incorporation of non-canonical amino acids (ncAAs) into proteins has emerged as a universal tool for systems bioengineering at the interface of chemistry, biology, and technology. The diversification of the repertoire of the genetic code has been achieved for amino acids with long and/or bulky side chains equipped with various bioorthogonal tags and useful spectral probes. Although ncAAs with relatively small side chains and similar properties are of great interest to biophysics, cell biology, and biomaterial science, they can rarely be incorporated into proteins. To address this gap, we report the engineering of PylRS variants capable of incorporating an entire library of aliphatic “small-tag” ncAAs. In particular, we performed mutational studies of a specific PylRS, designed to incorporate the shortest non-bulky ncAA (S-allyl-l-cysteine) possible to date and based on this knowledge incorporated aliphatic ncAA derivatives. In this way, we have not only increased the number of translationally active “small-tag” ncAAs, but also determined key residues responsible for maintaining orthogonality, while engineering the PylRS for these interesting substrates. Based on the known plasticity of PylRS toward different substrates, our approach further expands the reassignment capacities of this enzyme toward aliphatic amino acids with smaller side chains endowed with valuable functionalities.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».