Genomic and pathogenic investigations of <i>Streptococcus suis</i> serotype 7 population derived from a human patient and pigs
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Notice bibliographique
Résumé
Streptococcus suis is one of the important emerging zoonotic pathogens. Serotype 2 is most prevalent in patients worldwide. In the present study, we first isolated one S. suis serotype 7 strain GX69 from the blood culture of a patient with septicemia complicated with pneumonia in China. In order to deepen the understanding of S. suis serotype 7 population characteristics, we investigated the phylogenetic structure, genomic features, and virulence of S. suis serotype 7 population, including 35 strains and 79 genomes. Significant diversities were revealed in S. suis serotype 7 population, which were clustered into 22 sequence types (STs), five minimum core genome (MCG) groups, and six lineages. Lineages 1, 3a, and 6 were mainly constituted by genomes from Asia. Genomes of Lineages 2, 3b, and 5a were mainly from Northern America. Most of genomes from Europe (41/48) were clustered into Lineage 5b. In addition to strain GX69, 13 of 21 S. suis serotype 7 representative strains were classified as virulent strains using the C57BL/6 mouse model. Virulence-associated genes preferentially present in highly pathogenic S. suis serotype 2 strains were not suitable as virulence indicators for S. suis serotype 7 strains. Integrative mobilizable elements were widespread and may play a critical role in disseminating antibiotic resistance genes of S. suis serotype 7 strains. Our study confirmed S. suis serotype 7 is a non-negligible pathotype and deepened the understanding of the population structure of S. suis serotype 7, which provided valuable information for the improved surveillance of this serotype.
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Prédiction distillée sur la base complète
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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