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Enregistrement W3207420327 · doi:10.14288/1.0398542

Extracellular microRNAs as biomarkers for the detection of nasopharyngeal carcinoma

2021· article· en· W3207420327 sur OpenAlexaff
Isrraa Shoucair

Notice bibliographique

RevuecIRcle (University of British Columbia) · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMicroRNA in disease regulation
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésNasopharyngeal carcinomaExtracellularmicroRNAMedicineCarcinomaPathologyInternal medicineBiologyRadiation therapyCell biologyGeneBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Nasopharyngeal carcinoma (NPC) is a cancer of the upper region of the pharynx located behind the nose. Despite its low global incidence rate, this malignancy is endemic among primarily Chinese, South-East Asian, and Arctic descendants. microRNAs (miRNA) have been shown to be stable in circulation, with consistent aberrant expression profiles indicative of specific disease states – highlighting circulating miRNAs as attractive biomarkers. Preliminary testing for the feasibility of identifying a unique miRNA signature was conducted using Taqman Low Density Array (TLDA) cards. The profile of 754 miRNAs was assessed in serum samples from NPC patients, normal controls, and non-cancer oral/sinus inflammation patients. Differential expression of miR-151b, miR-450a-5p, miR-485-3p, and miR-885-5p were validated using qRT-PCR and assessed in matched NPC pre- and post-treatment serum samples. Additionally, extracellular vesicles (EVs) from NPC cell lines (HK1, Sune1) were collected via ultracentrifugation and the EV miRNA profiled via TLDA cards. 35 miRNAs were identified as significantly dysregulated in NPC serum compared to normal controls. Additionally, total of 46 miRNAs were identified as significantly dysregulated in non-cancer oral/sinus inflammation serum compared to normal controls. Cross-referencing these two lists, 12 miRNAs appear uniquely dysregulated only in NPC compared to controls. miR-485-3p was found to be downregulated in NPC serum, cells, and EVs. Moreover, expression of miR-485-3p, miR-151b, and miR-885-5p were significantly increased in NPC post-treatment samples. These results indicate the potential clinical utility and feasibility of establishing a simple, non-invasive, serum-based miRNA biomarker for the detection of NPC.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,184
Écart entre enseignants0,177 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2021
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