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Enregistrement W3207723842 · doi:10.1101/2021.10.18.462363

Gene losses in the common vampire bat illuminate molecular adaptations to blood feeding

2021· preprint· en· W3207723842 sur OpenAlexaff
Moritz Blumer, Tom Brown, Mariella Bontempo Freitas, Ana Luiza Fonseca Destro, Juraci Alves de Oliveira, Ariadna E. Morales, Tilman Schell, Carola Greve, Martin Pippel, David Jebb, Nikolai Hecker, Alexis-Walid Ahmed, Bogdan Kirilenko, Maddy Foote, Axel Janke, Burton K. Lim, Michael Hiller

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueBat Biology and Ecology Studies
Établissements canadiensRoyal Ontario MuseumToronto Zoo
Organismes subventionnairesMax-Planck-Institut für Physik Komplexer SystemeMax-Planck-GesellschaftConselho Nacional de Desenvolvimento Científico e TecnológicoRadboud Universitair Medisch CentrumHessisches Ministerium für Wissenschaft und Kunst
Mots-clésDesmodus rotundusBiologyVampireLineage (genetic)ObligateEvolutionary biologyGeneGeneticsZoologyEcology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Feeding exclusively on blood, vampire bats represent the only obligate sanguivorous lineage among mammals. To uncover genomic changes associated with adaptations to this unique dietary specialization, we generated a new haplotype-resolved reference-quality genome of the common vampire bat ( Desmodus rotundus ) and screened 26 bat species for genes that were specifically lost in the vampire bat lineage. We discovered previously-unknown gene losses that relate to metabolic and physiological changes, such as reduced insulin secretion ( FFAR1 , SLC30A8 ), limited glycogen stores ( PPP1R3E ), and a distinct gastric physiology ( CTSE ). Other gene losses likely reflect the biased nutrient composition ( ERN2 , CTRL ) and distinct pathogen diversity of blood ( RNASE7 ). Interestingly, the loss of REP15 likely helped vampire bats to adapt to high dietary iron levels by enhancing iron excretion and the loss of the 24S-hydroxycholesterol metabolizing enzyme CYP39A1 could contribute to their exceptional cognitive abilities. Finally, losses of key cone phototransduction genes ( PDE6H , PDE6C ) suggest that these strictly-nocturnal bats completely lack cone-based vision. These findings enhance our understanding of vampire bat biology and the genomic underpinnings of adaptations to sanguivory.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,216
Écart entre enseignants0,195 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations8
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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