SSR Molecular Markers Development Based on Whole Genome Sequences in Glycyrrhiza uralensis Fisch.
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
It is different in terms of active ingredients from various sources and origins on Glycyrrhiza Linn.. The development of specific molecular markers is of great significance for identification of germplasm resources. In the study, simple sequence repeat (SSR) motifs were analyzed based on the whole genome data in Glycyrrhiza uralensis Fisch.. SSRs were identified with MISA tool in all scaffold sequences. Suitable SSRs were used to design primers by using Primer3-2.4.0 software and 100 pairs of SSR primers were randomly utilized for the validity of molecular markers. The results showed 193 207 SSRs were detected from the whole genome sequence of G. uralensis distributed in 9 250 scaffolds. Of these, mono-nucleotide repeat SSRs was the main type, accounting for 60.73%, followed by dinucleotide (26.11%) and trinucleotide repeat (10.95%). Of the 284 repeat motifs, A/T (58.28%), AG/CT (10.48%), AT/AT (10.48%), AC/GT (5.12%) and AAT/ATT (3.57%) were the main repeat base. In addition, SSR primers for 140294 SSRs were designed using Primer3-2.4.0 software. We eventually developed 701 302 pairs of SSR markers in G. uralensis. Subsequently, 100 pairs of SSR primers were randomly selected for the further verifying. PCR results indicated that 63 of them (63%) had amplified the target bands, and 12 pairs of primers could generate polymorphic bands in seven samples. A large number of SSR markers developed will be used for identification of Glycyrrhiza germplasm resources and future molecular marker assisted breeding.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle