Fingerprint construction through genotyping by sequencing for applied breeding in <i>Brassica rapa</i>
Notice bibliographique
Résumé
This study evaluated the genotyping by sequencing (GBS) protocol for fingerprinting Brassica rapa, and the data derived were more reliable than the re-sequencing data of B. rapa. Of the 10 enzyme solutions used to analyze the numbers of genotypes and single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in B. rapa, five solutions showed better results, namely, A (HaeIII, 450–500 bp), E (RsaI+HaeIII, 500–550 bp), F (RsaI+HaeIII, 500–600 bp), G (RsaI+HaeIII, ‘All’ fragment), and J (RsaI+EcoRV-HF®, ‘All’ fragment). The five enzyme solutions showed less than 40% similarity in different individuals from various samples, and 90% similarity between two individuals from one sample. The E enzyme solution was the most suitable for fingerprinting B. rapa, revealing well-distributed SNPs in the whole genome. Of the 82 highly inbred lines and 18 F1 lines of B. rapa sequenced by GBS in the E enzyme solution, known parents of 10 F1 lines were verified, and male parents were discovered for 8 F1 lines that had only known female parents. This study provides a valuable method for screening parents for F1 lines in B. rapa for the efficient evaluation of GBS with varied library construction strategies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».