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Enregistrement W3208037085 · doi:10.1101/2021.11.01.21265592

Genome Wide Association Metanalysis Of Skull Bone Mineral Density Identifies Loci Relevant For Osteoporosis And Craniosynostosis

2021· preprint· en· W3208037085 sur OpenAlexaff
Carolina Medina‐Gómez, Benjamin H. Mullin, Alessandra Chesi, Vid Prijatelj, John P. Kemp, Chen Shochat-Carvalho, Katerina Trajanoska, Carol A. Wang, Raimo Joro, Tavia E. Evans, Katharina E. Schraut, Ruifang Li‐Gao, Tarunveer S. Ahluwalia, M. Carola Zillikens, Kun Zhu, Dennis O. Mook‐Kanamori, Daniel S. Evans, Maria Nethander, Maria J. Knol, Guðmar Þorleifsson, Ivana Nedeljković, Babette S. Zemel, Linda Broer, Natasja M. van Schoor, Sjur Reppe, Mikołaj A. Pawlak, Stuart H. Ralston, Nathalie van der Velde, Mattias Lorentzon, Kāri Stefánsson, Hieab H.H. Adams, Scott G. Wilson, M. Arfan Ikram, John P. Walsh, Timo A. Lakka, Kaare M. Gautvik, James F. Wilson, Eric Orwoll, Cornelia M. van Duijn, Klaus Bønnelykke, André G. Uitterlinden, Unnur Stykársdóttir, Timothy D. Spector, Jonathan H. Tobias, Claes Ohlsson, Janine F. Felix, Hans Bisgaard, Struan F.A. Grant, J. Brent Richards, David M. Evans, Bram C. J. van der Eerden, Jeroen van de Peppel, Cheryl L. Ackert‐Bicknell, David Karasik, Érika Kague, Fernando Rivadeneira

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueConnective tissue disorders research
Établissements canadiensJewish General HospitalCentre for Global Health Research
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCraniosynostosisIntramembranous ossificationBiologySkullCraniofacialEndochondral ossificationBone mineralBone growthGenome-wide association studyGeneticsEnhancerAnatomyOsteoporosisGeneSingle-nucleotide polymorphismEndocrinologyTranscription factorCartilage

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Skull bone mineral density (SK-BMD) provides a suitable trait for the discovery of genes important to bone biology in general, and particularly for identifying components unique to intramembranous ossification, which cannot be captured at other skeletal sites. We assessed genetic determinants of SK-BMD in 43,800 individuals, identifying 59 genome-wide significant loci (4 novel), explaining 12.5% of its variance. Pathway and enrichment analyses of the association signals resulted in clustering within gene-sets involved in regulating the development of the skeleton; overexpressed in the musculoskeletal system; and enriched in enhancer and transcribed regions in osteoblasts. From the four novel loci (mapping to ZIC1, PRKAR1A, ATP6V1C1, GLRX3 ), two ( ZIC1 and PRKAR1A ) have previously been related to craniofacial developmental defects. Functional validation of skull development in zebrafish revealed abnormal cranial bone initiation that culminated in ectopic sutures and reduced BMD in mutated zic1 and atp6v1c1 fish and asymmetric bone growth and elevated BMD in mutated prkar1a fish. We confirmed a role of ZIC1 loss-of-function in suture patterning and discovered ATP6V1C1 gene associated with suture development. In light of the evidence presented suggesting that SK-BMD is genetically related to craniofacial abnormalities, our study opens new avenues to the understanding of the pathophysiology of craniofacial defects and towards the effective pharmacological treatment of bone diseases.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,273
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,275
Écart entre enseignants0,259 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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